تعتبر جامعة المصطفى مركزاً علمياً إسلامياً وحوزوياً عالمياً، ولقد تزيّنت هذه الجامعة بالاسم المبارك لرسول الرحمة، خاتم الأنبياء، محمد المصطفى (ص)، وهي تهدف إلى تلبية حاجة المتلهفين لزلال المعارف الإلهية، وإيجاد حركة جديدة في مجال تطوير النظريات الإسلامية. أهداف هذا المركز العلمي عبارة عن:              
1)    تأهيل المجتهدين والباحثين والمدرسين والمبلغين وعلماء الإسلام المتقين الملتزمين.
2)    تبيين وتعميق الأفكار القرآنية والإسلامية، وتطوير النظريات الإسلامية والمعارف الإلهية والإنسانية.
 
أهم البرامج التي اتخذتها جامعة المصطفى؛ من أجل تحقيق أهدافها:
ـ التربية الشاملة والمتوازنة والمرتكزة على القيم الأخلاقية والحوزوية.
ـ الاستناد إلى تقاليد الحوزة ومراكز التعليم الإسلامي وسننها التاريخية القديمة.
ـ الاهتمام بنشر العلوم والأفكار الدينية، والقيام بحركة في مجال ترجمة المصادر الإسلامية.
ـ الاستناد إلى المنطق والعقل والحوار في التعامل مع الأديان والمذاهب.
ـ اتخاذ أسلوب التحقيق العلمي والتربوي.
ـ صيانة كرامة الإنسان في التعامل الباطني والظاهري.
ـ احترام متبنيات المذاهب الإسلامية، على أساس سياسة الانسجام والوحدة الإسلامية.